应用系统思想和分析研究物流问题并非始于今日，但把物流作为一个理论学科，置于系统论框架中的系统来研究，使读者通过物流要素、结构分析，了解物流的作用和功能，理解物流是一个产业的提法和把“要素集成化”作为物流系统论的重点原理的论述，则是《物流系统论》的贡献。后来，在此基础上，有的学者通过建立“区域物流系统动力学模型”，把这种系统放在了一个区域范围内进行了实证分析和研究。如有的学者将研究视角放在了供应链与物流管理的结合点上，从企业的产业链静态层面和物流、信息流和价值流等动态层面，分析集成供应链的形成；有的学者把企业内外部物流集成化作为我国当今企业发展的新模式，推动了物流管理功能独立的组织形式和职能的集成化。还有的学者根据供应链所涉及的研发、资源、制造、物流、信息和决策6个柔性子系统关系研究建立了供应链柔性系统集成模型。《物流一体化理论与方法研究—物流业务流程重组》（胡双增，2001）一文，通过对我国物流案例的实证性分析，揭示了物流一体化具有社会性和技术性的二重性的本质，指出物流管理信息系统的发展方向是基于业务流程重组的管理信息系统，丰富了物流一体化重组理论。

当供应链还在物流纵向一体化的理念融入和深化时，20世纪末互联网的发生，使大量的研究视角开始注意到电子商务在物流和供应链中的惊人作用，因为通过电子商务平台，或者战略联盟，“横向一体化形成了一条从供应商到制造商再到分销商的贯穿所有企业的链”（宋华，2003），并把一体化物流链的研究推向了战略采购、分销、品类管理和库存管理等内容。企业面对一体化的选择，可以实施非核心业务外包的方法，以突出核心业务竞争力，最大限度地取得竞争优势。所以说，从纵向一体化到横向一体化的供应链研究是一次实践与理论研究的飞跃，这是因为“全球制造链及由此产生的供应链管理是横向一体化管理思想的一个典型代表”（马士华，2000）。这样，从供应链流程形式而言，“一体化物流或物流一体化包括三种形式：垂直一体化物流、水平一体化物流和物流网络”。不仅如此，为了推进供应链管理的边界研究，有学者提出实现“产品和服务与顾客的需求实现无缝连接，从而提高企业的柔性以及顾客价值”。

对物流战略的研究主要集中在三个角度：一是从货主物流需求的角度，研究即时物流战略、协同或一体化物流战略和高度化物流战略，二是从竞争优势的角度进行战略选择，探讨物流战略包括的内容对竞争战略的影响及物流战略选择。在这个问题上，有的认为，战略选择可以直接导致其模式的差别，所以，物流战略往往决定了物流模式的选择。有的专门针对我国第三方物流存在的问题提出了精益物流、价值链联盟、虚拟化战略三种可供选择的第三方物流企业发展战略。还有的深入研究了第三方物流战略的形成动机，认为它是“核心能力和资源外取理论的一种衍生形式”。三是从理论应用的角度，从物流与商贸流通的关系入手研究区域性商贸流通现代化进程的物流跨越式、社会化、一体化、集成化和专业化发展战略及其规划和选择。有学者进一步提出，通过培育中国物流企业的核心能力，用品牌战略构建中国物流业的竞争战略。